La fondazione della chiesa e del piccolo convento attiguo avvengono nel 1469 per volere del chirurgo Antonio de Balestris come voto a san Gottardo per la guarigione dalla podagra che lo affliggeva, in un fondo sui Ronchi di sua proprietà, in località “tese alte day turdi ” (ad indicare un luogo di cattura dei tordi con le reti).

Alla presenza del popolo, il chirurgo consegna il complesso ai Serviti di Sant’Alessandro. A loro viene anche concessa la licenza per la questua in nome di San Gottardo, preziosa fonte di sostentamento con la quale i frati riescono a sopravvivere.

Il complesso viene ultimato nel primo decennio del 1500. Grande importanza per la fine dei lavori e l’abbellimento dell’opera viene attribuita all’impegno del frate Adeodato Caprioli, motivo per cui i confratelli della chiesa di Sant’Alessandro lo svincolano da qualsiasi rendita e proventi ricavati con il proprio operato: il Caprioli utilizzerà questo privilegio per arricchire ulteriormente la chiesa con affreschi e dipinti.

Fino alla fine del 1500 la chiesa viene ben officiata. Vi dimorano 4 frati, 2 sacerdoti e 2 laici. Seguono due secoli di grande fermento animato dalla sapiente guida dei priori Serviti. All’inizio del 1600 viene istituita la Confraternita dell’Addolorata che ha ampia diffusione. E’ una piccola comunità anch’essa sostenuta dalle elemosine e dal piccolo appezzamento di terra nei pressi del convento.

Nel 1797, insieme a molti altri conventi, anche San Gottardo viene soppresso dal Senato della Repubblica di Venezia a motivo del troppo potere assunto dagli ordini religiosi. In realtà il decreto ambisce a sottrarre i beni ai conventi per rialzare le sorti economiche della Serenissima giunta ormai al crepuscolo. Anche i Serviti di Sant’Alessandro vengono aboliti e il convento diventa di proprietà demaniale.

Ma intanto questo Santuario che nato e cresciuto sotto così splendidi auspici olezzava fragranza di paradiso, nel volger che fece all’occaso il trapasso secolo volteriano, infernale, che giurato avea odio eterno, eterna guerra alla religione de’ nostri padri, a tutte le più antiche venerande istituzioni del Cristianesimo; questo Santuario come altri mille a fascio (1797) rimase muto e diserto de’ suoi più cari, indarno più volte, quasi tortorelle dall’amica loro torre scacciate, tornanti all’addio, e tutto questo per un solo delitto, questo, di non averne alcuno, questo d’aver sull’orme del patetico Geremia versato a rivi il pianto sui travagli della novella Sionne, sulle ruine dell’altare e della patria; diserto e muto aspettando i futuri suoi destini a discrezione dell’incredulità dominante.*

Nel 1867 don Pietro Capretti acquista tutto il complesso, chiesa, convento, parte colonica, orto, ronco e bosco al prezzo di 4,475 lire esprimendo la promessa di preservare l’officiatura della chiesa ma, complice l’isolamento e le poche rendite, riesce a garantire solo la messa domenicale per i roncari. La Curia Vescovile ne affida poi l’amministrazione all’erede e nuovo proprietario Flaviano Capretti affinchè ne risani la struttura (tra il 1905 ed il 1924), ma quest’ultimo, non riuscendo a completarne la riparazione, dopo numerosi contenziosi, decide di donare il complesso alla neonata parrocchia di San Gottardo.

Nel 1928 Alessandro Faini predispone un lascito di 60.000 lire per la costruzione del campanile e la dotazione delle campane e pochi anni più tardi, nel 1936, si costituisce il Comitato per i restauri. Il ‘900 è tutto un susseguirsi di donazioni e cambiamenti: in particolare negli anni ‘70 viene recuperata l’essenzialità dell’edificio primitivo ed impreziosito l’esterno, tra le altre cose, con il portale ligneo di Giuseppe Rivadossi. Negli anni più recenti sono stati recuperati affreschi e realizzate opere di scrupoloso abbellimento, sia la chiesa sia il chiostrino sono stati arricchiti con nuovi dipinti e con un nuovo concerto campanario. Presso la parrocchiale sono state ricoverate le opere provenienti da San Fiorano e dal Santuario del Patrocinio (la pala di Sante Cattaneo). Infine, il 21 ottobre 2007 sono state poste alla venerazione dei fedeli le reliquie del beato Carlo d’Austria, ultimo imperatore asburgico, beatificato da Giovanni Paolo II. Sopra di queste si trovano da tempo anche le reliquie dei santi Faustino e Giovita donate dal commendator Giuseppe Inselvini.